结构相似性在很大程度上决定了药物与受体之间的亲和力。这是因为药物分子与其靶标受体之间的相互作用主要依赖于两者之间在三维空间的互补性和化学性质的匹配度。具体来说，当一个药物分子的形状、电荷分布以及疏水区域等特性与受体上的结合位点高度相似时，它们之间就能形成更稳定和特异性的结合，从而增强药物对靶标的亲和力。
1. 空间构象：药物分子需要具有合适的三维结构来匹配受体表面的特定凹陷或裂缝（即结合口袋）。这种几何形状上的契合是基本要求之一。例如，如果一个药物分子拥有与受体活性位点相吻合的空间构型，则该药物更可能有效地占据这个位置并发挥其生理效应。
2. 化学性质：除了物理形态外，分子间的非共价相互作用如氢键、静电吸引力、疏水作用等也是决定亲和力的关键因素。例如，如果一个药物分子在其与受体接触的区域含有能够形成氢键的功能基团，并且这些功能基团的位置正好可以与受体上的相应位点相匹配，则可以显著提高两者的结合强度。
3. 灵活性：在实际情况下，很多受体和配体都是具有一定柔性的大分子。这意味着它们能够在一定程度上调整自身的构象以适应对方的变化，进而促进更紧密的结合。因此，在设计新药时，考虑药物及其靶标之间的动态互动是非常重要的。

综上所述，通过深入研究药物与受体之间在结构层面的相似性和互补性，科学家们可以更好地理解和预测药物的作用机制，为开发高效、低副作用的新药提供理论依据和技术支持。