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由于环境的污染，导致鱼类动物生长水域污染，而使鱼类动物体内含有较多的重金属，农药，病原微生物及寄生虫等。

重金属污染

鱼类动物对重金属如汞，镉，铅等有较强的耐受性，能在体内蓄积重金属物质。

化学农药污染

农田施用农药，农药厂排放的废水污染池塘，江，河，湖水，使生活在污染水域的鱼，不可避免地摄入农药并在体内蓄积。相比较而言，淡水鱼受污染程度高于海鱼。农药污染尤以DDT，六六六最为严重。因此，通常监测鱼类产品DDT，六六六残留量作为衡量其受化学农药污染的一项指标。

病原微生物的污染

由于水域被污染，使鱼受到污染，在运输、销售、加工等生产过程接触到受病原菌微生物污染的容器工具等，增加了污染的机会。鱼类动物受病原微生物污染，常见致病菌有副溶血性弧菌，沙门氏菌，致贺氏菌，大肠杆菌，霍乱弧菌以及肠道病毒等。海产食品最容易受到副溶血性弧菌的污染，它是引起夏秋季节常见的食物中毒的主要原因。

寄生虫感染

在自然环境中，有许多寄生虫是以淡水鱼、螺、虾、蟹等作为中间宿主，人作为其中间宿主或终宿主医学教育——网整理。在我国常见的鱼类的寄生虫有华枝睾吸虫、肺吸虫等。华枝睾吸虫的囊蚴寄生在淡水鱼体内，肺吸虫的囊蚴常寄生在蟹体内，当生食或烹调加工的温度和时间没有达到杀死感染性幼虫的条件时，极易使人感染这类寄生虫病。

腐败菌污染

活鲜鱼肉是无菌的，但体表、鳃及肠道中则有与水域大致相同种类的细菌。另外，鱼类从捕捞到烹调加工，经常接触容器、包装材料、运输工具等物品，导致鱼受污染。一般海水鱼所带有的，并能引起鱼体腐败变质的细菌有；假单胞菌属、无色杆菌属、黄杆菌属、摩氏杆菌属等。一般淡水鱼所带有的细菌，除海水鱼体细菌外，还常有产碱杆菌属、气单胞杆菌属和短杆菌属等。这些细菌，在鱼体丰富的营养环境下生活，温度条件适宜（20-30℃）繁殖很快，非常容易引起鱼的腐败变质。

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