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杀死病原体，只留下能够产生免疫力的毒素作为疫苗。如百日咳、乙型脑炎、流行感冒等疫苗皆是。接种灭活菌疫苗，可在血中制造抗体，以杀死入侵的病原体。灭活菌疫苗无法像活疫苗一样在体内增殖，所以必须经常追加接种，以强化免疫。