宋代理学带来了当时社会文化和科技全面的进步，是中国古代自然科学与人文科学汇流的结晶，对中医药学发展的启迪和推动发挥了重要作用。它不仅是联系中医界与文化界的纽带，还可能为中医药学方法论的创新带来生机。

　　朱熹是南宋著名的理学家、哲学家、教育家、理气派的领军人物，主张“太极动静”和“理一分殊”。其关于宇宙、天文、气象的自然论、太极动静的学说、从物到理的认知过程、有关情性、形神、魂魄的理论探索，对中医学术思想产生了重要的影响。从理学到医学的这种影响，是直接通过朱熹的再传弟子朱丹溪实现的，而朱丹溪同时又承河间学派的正传（刘河间传荆山浮屠，荆山传罗知悌，罗授朱丹溪），终成一家之言；由其所创立的丹溪学派（又称滋阴派）从古至今、由中到外（如日本的丹溪学社）辐射至整个中医药的学术思想。

　　对于《黄帝内经》，宋代理学家们非常重视，邵雍把它与道家的经典《阴符经》并列。程颢认为：“《素问》书，出战国末，气象可见。”朱熹对此更为关切，在《朱子全书·古史余论》中说：“至于战国之时，方术之士，遂笔之于书，以相传授，如列子之所引，与夫《素问》、《握奇》之属，盖必有粗得其遗言之彷佛者，如许行所道神农之言耳。”朱丹溪远绍朱子正传，著书《格致余论》，是他用力最深的医著，借以阐发其“相火论”与“阳有余阴不足论”的重大观点，同时表明自己理学正传的身份。

　　刘完素将其与弟子研究《伤寒论》的著作冠以《伤寒直格》为名，取理学“格物致知”之意。刘河间干脆把张仲景推之为“医门之孔子”。他用的这种比较法，也影响了后世医家，如清代俞震《古今医案按》云：“仲景《伤寒论》，犹儒之《大学》、《中庸》也”，直把《伤寒论》比作儒门之经典。另外，金代易水学派的创始人张元素虽已考中进士，但因犯讳落第。李东垣为其师张元素的枳术丸作方解时，谈到“荷叶”一味便效仿周敦颐“爱莲说”：“荷叶之体，生于水土之下，出于秽污之中，而不为秽污所染，挺然独立。”主张攻邪的张从正在其弟子麻知己、常仲明的帮助下，将自己的攻邪论与汗吐下三法著成《儒门事亲》一书，以解儒门经义为崇高理想。医学教育网搜集整理

　　朱熹对日食和月食的观察是很细致的，对其原理的阐发和时间的推算基本上是准确的。他阐述云生雨、雾生成的道理：“气蒸而为雨，如饭甑盖之，其气郁而淋漓。气蒸而为雾，如饭甑不盖，其气散而不收。”在宇宙生成的问题上，朱熹提倡浑天说，并与张载所持的宣夜说进行了融合，对其进行了合理的改造，这在当时是最先进的。就古代医家而言，一般都持浑天说观点，《素问·五运常大论》认为“地在人之下，太虚之中者”，因“大气举之也”。这种模式肇源了后世医家喻昌创“大气论”。吴鞠通对此也津津乐道。承朱子之学，朱丹溪利用“天大地小”、“日圆月缺”的现象来阐发他关于“阳有余阴不足”的道理。

　　另一个理学影响医学的重要特征就是学派的纷涌和争鸣。在宋代，除濂、洛、关、闽四大主要的理学流派以外，还有王安石的“新学”、邵雍的“易学”；司马光之“朔学”、以苏轼为首的“三苏”的“蜀学”，还有张栻为代表的湖湘学派、陆九渊（象山）所代表的“心学”、陈亮的永康学派和叶适的永嘉派等。宋代理学的发展不仅促进了金元时期医药学的进步，而且直接带来了医学内容的巨大变革，并且连理学内部学派争鸣的特点也被金元医学保留了下来。为此，清代学者纪晓岚在《四库全书总目提要·医家类》指出：“儒之门户分于宋，医之门户分于金元”。这种自理学而医学的影响是不言而喻的。可以说，历史上学派的更迭与传承成为中医药学术思想发展的主线，学派纷呈也同样是中国理学发展的一大特点。

　　承袭朱丹溪正传的有王履、戴思恭，沿至明代的王纶等，私淑者有万全（密斋）、汪机（石山）、赵献可、虞抟、易大艮、周慎柔等，皆为医学大家。王履（安道），其治学本于丹溪“一断于经”之旨，即证诸实践作为“断经”的根据，但又不囿于经，敢于发表自己的见地。明代徐春圃《古今医统》誉其为“学究天人，文章冠世，极深医源，直穷奥妙。”《四库全书总目提要》中称其“汇通研究，洞见本源，于医道中实能贯彻源流，非漫为大言以夸世也。”王履不仅是一位出色的医学家，还是一位文学家和艺术家，他创作的“华山图”是中国画界的名画；同傅山的书法一样，名闻华夏。另如戴思恭（元礼）也是朱丹溪的直传弟子，医学成就很高，做过明代的太医院使。他对情志发病描述是“七情之交攻，五志之遽发”，他在朱氏传承的基础上提出：“捍卫冲和不息之谓气，扰乱妄动变常之谓火”，极大地丰富了临床气血痰郁火证的理论与治疗。

　　任应秋先生说：“要提出自己的见解，才是善于学习的人。”当前，以中医疾病为主体的研究，尽管在具体病的诊疗方面有所猎获，然对于初学者或基础不实者仍犹如雾里看花，且容易产生误导；因这种方法没能按照中医学术的源流进行发掘，会使整个学派的学术体系产生某些支离。另外，在中医经典研究的基础上进行专题发挥，如专病以及专方专药的探讨，最后并没能回归到中医理论研究的路线上，进而上升到科学理论创新的高度。即使有高新技术的引入，但只能说是“往而不来”，所以科研方面收效不大。

　　中医各学派之间也是正常竞争、相互补充、彼此互证的关系，决不该是囿于门户、水火冰炭式的隔绝与封闭。自古而今，中医学派具有继承性、创新性、全面性、互补性和连续性的特点，因而往往在学派内部产生出深刻的继承与创新。这也是中医学有别于西医学的根本特点之一。