脑膜炎球菌从上呼吸道进入人体后，大多数情况下只在鼻咽部生长繁殖，而无临床症状（带菌状态），部分可出现上呼吸道轻度炎症，出现流涕、咽痛、咳嗽等症状，而获免疫力。如人体免疫力低下或病菌毒力强时，细菌可经鼻咽部粘膜进入血循环，部分感染者表现为暂时性菌血症，出现皮肤粘膜出血点，仅极少数患者发展为败血症并出现迁徙性病灶如脑膜炎、关节炎、心肌炎、心包炎、肺炎等，其中以脑膜炎最多见。
引起脑膜炎和暴发性脑膜炎的物质主要是细菌释放的内毒素而不是病菌的整体作用。内毒素导致血管内皮细胞损伤，使小血管及毛细血管透性增高，颅内压增高，脑水肿加重；皮肤粘膜瘀点瘀斑。内毒素还可以引起休克和DIC.
