鼻真菌病的诊断主要从临床症状、X光拍片或CT扫描、真菌培养及病理学检查等方面进行。
凡遇到鼻分泌物或上颌窦冲洗液为脓性而带有暗红色血液，或含有灰色或红褐色干酪样物时，或怀疑恶性肿瘤而病理学检查不能证实者，应考虑是否为鼻真菌病。鼻窦X线拍片、C T扫描可以显示窦腔混浊、密度增高，类似金属样异物，侵袭型和曲霉菌瘤型，可以有鼻窦骨壁破坏。
真菌涂片检查或取分泌物做真菌培养，可见曲霉菌的菌丝生长，在光学显微镜下鉴定有分叉形菌丝，可作诊断依据。
病变组织活检可见小动脉有血栓形成，粘膜表面有霉菌菌丝。
本病须与萎缩性鼻炎、骨髓炎、恶性肿瘤、恶性肉芽肿等相鉴别，必要时可以手术探查。
