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腮腺炎病毒从呼吸道侵入人体后，在局部黏膜上皮细胞核局部淋巴结中复制，然后进入血流，播散到腮腺和中枢神经系统，引起腮腺炎和脑膜炎。病毒在进一步繁殖复制后，再次侵入血流，形成第二次病毒血症，并侵犯第一次病毒血症时未受累的器官，比如颌下腺、舌下腺、睾丸、胰腺等，引起相应的表现。因此流行性腮腺炎实际上是一种系统性、多器官受累的疾病，临床表现形式多样。
腮腺炎的病理特征为腮腺非化脓性炎症。腺体呈肿胀发红，可见渗出物，出血性病灶和白细胞浸润。腮腺导管有卡他性炎症，其壁细胞肿胀，导管周围及腺体壁有淋巴细胞浸润。周围间质组织水肿等病变可导致腮腺导管的阻塞、扩张和淀粉酶潴留。淀粉酶排出受阻，则经淋巴管进入血循环，使血和尿中淀粉酶增高。睾丸、胰腺等受累时也可出现淋巴浸润和睾丸炎、胰腺炎等病变。但本病毒容易累及成熟睾丸，幼年患者很少出现睾丸炎。
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