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手足口病的检查主要包括血常规、血生化检查、血气分析、脑脊液检查、病原学检查、血清学检查这几项，由于病毒检测需要2-4周才能出结果，所以病人当天是不能确诊病例的。
（一）血常规
白细胞计数正常或降低，病情危重者白细胞计数可明显升高。
（二）血生化检查
部分病例可有轻度谷丙转氨酶（ALT）谷草转氨酶（AST）肌酸激酶同工酶（CK-MB）升高，病情危重者可有肌钙蛋白（cTnI）血糖升高。C反应蛋白（CRP）一般不升高。乳酸水平升高。
（三）血气分析
呼吸系统受累时可有动脉血氧分压降低、血氧饱和度下降，二氧化碳分压升高，酸中毒。
（四）脑脊液检查
神经系统受累时可表现为：外观清亮，压力增高，白细胞计数增多，多以单核细胞为主，蛋白正常或轻度增多，糖和氯化物正常。
（五）病原学检查
CoxA16、EV71等肠道病毒特异性核酸阳性或分离到肠道病毒。咽、气道分泌物、疱疹液、粪便阳性率较高。
（六）血清学检查
急性期与恢复期血清CoxA16、EV71等肠道病毒中和抗体有4倍以上的升高。
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