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引起新生儿呕吐的原因与其他年龄组小儿不尽相同，此种差异取决于新生儿的解剖生理特点及其出生后内外环境的急剧变化，也取决于胚胎期各脏器，尤其是前、中、后原肠分化和发育的状况。第四脑室下的呕吐中枢及其更高级的中枢受全身炎症或代谢障碍产生的毒素刺激或颅内压升高，均可引起呕吐内科一些常见情况引起的呕吐，如出生时咽下羊水或产道血液刺激胃黏膜常引起呕吐；胃食管反流（ger）是新生儿呕吐的常见原因，主要与新生儿食管下端括约肌较松弛胃排空延迟腹内压增高等因素有关；幽门痉挛引起的呕吐为幽门神经肌肉功能暂时性失调所致，常在喂奶后不久出现呕吐。

新生儿消化系统的解剖生理特点为食管松弛蠕动功能较差胃呈水平状（成人为垂直型）、容量小胃上端和食管连接处贲门较松弛胃下端和十二指肠连接处幽门相对较紧等使食管和胃形似一个长颈的敞口瓶胃中的东西很容易通过食管倒流出来，肠道蠕动的神经调节功能较差，适应差易感性高，分泌胃酸及蛋白酶的功能较差。由于上述种种解剖生理及生后环境温度营养摄取、代谢、排泄等的变化使初生新生儿、尤其早产儿，很容易发生呕吐。

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