手足口病主要是由肠道病毒引起的常见传染病，引发手足口病的肠道病毒有20多种（型），其中以肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A16型（Cox A16）最为常见。

肠道病毒71型是导致手足口病的重要病原体之一。它具有较强的致病性，感染后引发的症状可能相对较为严重。除了常见的手、足、口腔等部位出现皮疹、疱疹外，还可能累及神经系统，导致无菌性脑膜炎、脑干脑炎、脊髓灰质炎样麻痹等严重并发症。尤其是在低龄儿童群体中，感染EV71后发展为重症的风险相对较高，甚至可能危及生命。该病毒在环境中具有一定的存活能力，可通过多种途径传播，如密切接触患者的分泌物、疱疹液、被污染的物品等，也可通过呼吸道飞沫传播。

柯萨奇病毒A16型也是手足口病的主要病原体。由其引起的手足口病症状通常相对较轻，一般表现为发热，手、足、口腔黏膜出现散在疱疹或溃疡。大多数患者在一周左右可自愈，预后良好。它的传播方式与EV71类似，在托幼机构等儿童聚集场所容易造成传播和流行。

此外，柯萨奇病毒A组的其他一些血清型如A4、A5、A9、A10 型以及B组的B2、B5型等肠道病毒也可引起手足口病，但相对来说不如EV71和Cox A16常见。这些病毒在不同地区、不同年份的流行情况可能有所差异。