自体瓣膜感染性心内膜炎（IE）的治疗原则主要包括以下几个方面。
抗生素治疗是关键。用药原则为早期应用，在连续送3 - 5次血培养后即可开始治疗；足量用药，选用杀菌性抗微生物药物，大剂量和长疗程，旨在完全消灭藏于赘生物内的致病菌；静脉用药为主，保持高而稳定的血药浓度；病原微生物不明时，急性者选用针对金黄色葡萄球菌、链球菌和革兰阴性杆菌均有效的广谱抗生素，亚急性者选用针对大多数链球菌（包括肠球菌）的抗生素；已分离出病原微生物时，应根据致病微生物对药物的敏感程度选择抗微生物药物。
对于有严重心脏并发症或抗生素治疗无效的患者，需要考虑外科治疗。其适应证包括：严重瓣膜反流致心力衰竭；真菌性心内膜炎；虽充分使用抗微生物药物，血培养持续阳性或反复复发；虽充分抗微生物治疗，仍反复发作大动脉栓塞，超声检查证实有赘生物≥10mm；主动脉瓣受累致房室传导阻滞，心肌或瓣环脓肿需手术引流。
此外，患者需要进行一般治疗，包括卧床休息，加强营养支持，维持水、电解质平衡，补充维生素和铁剂等，以增强机体抵抗力。治疗过程中要密切观察病情变化，包括体温、心脏杂音、血常规、血培养等指标，及时调整治疗方案。同时，治疗结束后还需要进行随访，评估治疗效果，监测有无复发等情况。
