由于你没有明确指出“两者”具体是什么，下面以口腔常见的两种病变——牙源性角化囊肿和含牙囊肿为例，来阐述它们镜下表现的差异。

牙源性角化囊肿镜下表现具有以下特点。其囊壁较薄，由复层扁平上皮构成，一般无上皮钉突。上皮厚度较一致，通常为 5 - 8 层细胞，表面呈波浪状或皱褶状，表层角化多呈不全角化，表现为细胞核未完全消失的角化层。棘细胞层较薄，细胞间桥不明显。基底细胞层界限清楚，呈栅栏状排列，核远离基底膜，染色深且大小一致。纤维囊壁较薄，一般无炎症细胞浸润，但当囊肿继发感染时，纤维囊壁内可见大量炎症细胞。有时在纤维囊壁内可见微小子囊或上皮岛。

含牙囊肿镜下表现则有所不同。其囊壁由纤维结缔组织构成，较薄且均匀。衬里上皮为复层扁平上皮，一般较薄，约 2 - 5 层细胞，无角化。上皮细胞呈立方状或矮柱状，排列整齐，无明显的细胞间桥。在囊壁和牙颈部相连处，可见牙源性上皮剩余。当囊肿继发感染时，囊壁内可见炎症细胞浸润，上皮可出现增生，细胞层次增多。含牙囊肿的一个重要特征是囊壁附着于牙颈部，囊内含有未萌出的牙冠。

牙源性角化囊肿和含牙囊肿在衬里上皮的厚度、角化情况、细胞排列以及纤维囊壁的特征等方面都存在明显的镜下表现差异。这些差异对于准确诊断和鉴别这两种囊肿具有重要意义。