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鳞癌可发生于黏膜或皮肤的鳞状上皮，在显微镜下观察，癌瘤系鳞状上皮增殖而成。增殖的上皮侵入结缔组织内，形成许多互相连接的细胞巢（癌巢）；在癌巢中进行着类似表皮的角化过程，形成轮层状小体者，称为癌珠。相当于基底层的细胞排列的癌巢的外围和结缔组织的间质相接。鳞癌不呈角化时，则其细胞巢是形态相同的鳞状上皮细胞所组成，间有稍呈多形性的细胞，称为无角化性鳞癌，其恶性程度较高。
口腔黏膜的原位癌比较少见，多发生在癌变的早期，但有转变为浸润性癌的危险。
按照病理分化程度，鳞癌一般可分为三级：I级分化较好，Ⅲ级分化最差；未分化癌的恶性程度最高。由于鳞癌发生的部位不同，其组织结构、恶性程度、转移部位及治疗方法等方面也均有所不同。
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