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隐孢子虫生活史有滋养体、裂殖体、配子体、合子和卵囊5个发育阶段，其中卵囊是感染阶段。
卵囊呈圆形或椭圆形，直径4～6 um，囊壁光滑、无色，成熟卵囊内含4个呈月牙形的子孢子和1个残留体。在改良抗酸染色标本中，卵囊为玫瑰红色，背景为蓝绿色，囊内子孢子排列不规则，残留体为棕色颗粒状 。
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