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人隐孢子虫病的病情与宿主免疫功能有关。免疫功能正常时，主要表现为急性胃肠荧症状排带黏液的水样便，有的伴有明显腹痛。此外，尚有恶心、呕吐、低热及厌食。水泻1周即可恢复。
当免疫功能抑制时，则表现为慢性腹泻，水泻难以控制，病程可长达数月，并伴有呕吐、上腹痉挛、体重减轻等儿童患者还表现为生长迟缓和发育不良。此类患者从类便持续排出大量卵囊。部分患者可表现为胆囊爽，出现上腹部疼痛。恶心、呕吐，同时伴有严重肠炎。
值得注意的是，隐孢子虫是艾滋病病人合并肠道感染的常见病原体，感染后常常危及患者生命。
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