生物学操作技术最重要的就是安全问题，在操作流程中有诸多环节存在各种安全隐患，需要谨慎操作。
（1）电安全问题：偏振板，激光供电等都是高电压，需要特别小心。仪器内部只能由厂家人员及相关工作人员才可操作，实验人员不得冒险操作。
（2）激光安全问题：流式细胞术的激光有相应的cover保护，不得打开，否则危险。某些仪器操作时必须关上相应的门，不得直视激光，室内不得有反光物体，不得试图用任何器物阻断激光束。
（3）生物学安全问题：如病毒、细菌、致癌物质等，倒废液桶时要注意，不要用手或身体其他部位直接接触有可能有危险的东西，提高警惕。
（4）财产安全问题：流式细胞仪是贵重仪器，液流系统，激光系统，电脑系统都价值昂贵，操作时应保持严肃，不得嬉闹。
