1.核质核质又称拟核，由裸露的双链DNA盘绕成松散的网状结构与RNA构成，无组蛋白包绕。它相当于细胞核的功能，决定细菌的生物学性状和遗传特征。
2.核糖体（或称核蛋白体）每个细菌可含有万余个核糖体，它由RNA（占70%）和蛋白质（占30%）构成，为细菌蛋白质合成的场所。链霉素和红霉素等抗生素可与核糖体结合，而起到抗菌作用。
3.质粒质粒种类繁多，由闭合环状双链DNA构成，可自我复制，是核质以外的遗传物质，能携带多种遗传性状，并可通过结合、转化等方式在菌间传递质粒，而使细菌获得新的生物学性状。主要的质粒有耐药性R质粒、编码性菌毛的F质粒、产生大肠菌素的Col质粒及产生肠毒素的ST质粒和LT质粒等。由于质粒的结构简单，在分子生物学研究中被广泛地用作载体。
4.胞质颗粒胞质颗粒为细菌贮存营养物质的多糖、脂类及多磷酸盐等。其中异染颗粒为白喉棒状杆菌、鼠疫耶尔森氏菌和结核分枝杆菌等所特有的胞质颗粒，它由RNA和偏磷酸盐构成，经亚甲蓝染色呈紫色，此着色特点用于鉴别诊断。
