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蛋白质的种类繁多，结构复杂，迄今为止没有一个理想的分类方法。着眼的测面不同，分类也就各异，例如从蛋白质形状上，可将它们分为球状蛋白质及纤维状蛋白质；从组成上可分为单纯蛋白质（分子中只含氨基酸残基）及结合蛋白质（分子中除氨基酸外还有非氨基酸物质，后者称辅基）；单纯蛋白质又可根据理化性质及来源分为清蛋白（又名白蛋白，albumin）、球蛋白（globulin）、谷蛋白（glutelin）、醇溶谷蛋白（prolamine）、精蛋白（protamine）、组蛋白（histone）、硬蛋白（scleroprotein）等（见表1？）。结合蛋白又可按其辅基的不同分为核蛋白（nucleoprotein）、磷蛋白（phosphoprotein）、金属蛋白（metalloprotein）、色蛋白（chromoprotein）等（见表1-5）。
此外，还可以按蛋白质的功能将其分为活性蛋白质（如酶、激素蛋白质、运输和贮存蛋白质、运动蛋白质、受体蛋白质、膜蛋白质等）和非活性蛋白质（如胶原、角蛋白等）两大类。
蛋白质按溶解度分类 (如下表)
| 蛋白质分类 |
举 例 |
溶 解 度 |
| 白蛋白 |
血清白蛋白 |
溶于水和中性盐溶液，不溶于饱和硫酸铵溶液 |
| 球蛋白 |
免疫球蛋白、纤维蛋白原 |
不溶于水，溶于稀中性盐溶液，不溶于半饱和和硫酸铵溶液 |
| 谷蛋白 |
麦谷蛋白 |
不溶于水、中性盐及乙醇；溶于稀酸、稀硷 |
| 醇溶谷蛋白 |
醇溶谷蛋白、醇溶玉米蛋白 |
不溶于水、中性盐溶液；溶于70-80%乙醇中 |
| 硬蛋白 |
角蛋白、胶原蛋白、弹性蛋白 |
不溶于水、稀中性盐、稀酸、稀硷和一般不机溶剂 |
| 组蛋白 |
胸腺组蛋白 |
溶于水、稀酸、稀硷、不溶于稀氨水 |
| 精蛋白 |
鱼精蛋白 |
溶于水，稀酸，稀硷、稀氨水 |
蛋白质按化学成分分类(如下表)
| 蛋白质类别 |
举 例 |
非蛋白成分（辅基） |
| 单纯蛋白质 |
血清蛋白，球蛋白 |
无 |
| 核蛋白 |
病毒核蛋白，染色体蛋白 |
核酸 |
| 糖蛋白 |
免疫球蛋白、粘蛋白，蛋白多糖 |
糖类 |
| 脂蛋白 |
乳糜微粒、低密度脂蛋白、极度密度脂蛋白、高密度脂蛋白 |
各种脂类 |
| 磷蛋白 |
酪蛋白、卵黄磷酸蛋白 |
磷酸 |
| 色蛋白 |
血红蛋白、黄素蛋白 |
色素 |
| 金属蛋白 |
铁蛋白、铜兰蛋白 |
金属离子 |
