在肛瘘手术时，常可见到有其他疾病并存，如内痔、外痔、混合痔、肛裂、肛乳头肥大等。如不给予处理会直接影响疗效和疗程；处理得当可减少术后并发症，加快术后伤口的愈合。对于合并的疾病，一般可在术后一并处理。
（1）内痔 在肛瘘内口的上方或两侧合并内痔，常因大便将内痔向下挤压，压迫内口，同时内痔粘膜分泌粘液，影响内口的创面的愈合。应根据痔核的大小治疗，痔核较小者可采用硬化萎缩剂局部注射，使其萎缩；若痔核较大，或者脱出者，宜采用内痔切除缝合术或结扎术。
（2）外痔 在肛瘘切口两侧合并有外痔，常可导致皮瓣内翻，影响局部引流和愈合。治疗可将皮下曲张性静脉丛剥除，或采用激光或电灼将外痔切除，并修剪皮瓣，使其局部引流通畅。
（3）混合痔 在内口及肛管两侧合并混合痔者，可利用肛痞切口，作混合痔切除缝合术。
如创面过大，可用2一0的肠线缝合基底部1—2针。如混合痔与肛瘘现面有正常皮肤，可以做混合痔切口，进行外剥内扎术。
（4）肛裂 肛瘘合并肛裂，—般不必特殊治疗。肛瘘治愈后，肛裂自然愈合。但陈旧性肛裂伴有肛乳头肥大或结缔组织部外痔时，应予以处理，将肥头结扎切除，结缔组织外痔切除。
在肛瘘合并其他疾病时，应在手术前合理安排切口部位，以免造成切口之间融合。肛管创口过大、创口不平整等亦会影响伤口愈合。
