果糖也有一些缺点，在应用中要对此有足够的注意。
1）成本高于蔗糖
果葡糖浆的成本目前高于蔗糖。
而结晶果糖，由于生产工艺复杂，技术要求高，目前世界上只有少数国家能够生产，成本比较高。
但果糖的成本与大多数糖醇类，低聚糖类都是可比的。可以预见，随着果糖产量的进一步提高，生产技术的进步，果糖的成本会不断降低。
2）果糖不耐
人群中有少数遗传性果糖不耐受者，在摄入果糖后会发生低血糖反应，并且肠胃不适。
3）需控制用量
果糖的摄入量不能过大。健康人每天果糖摄入量阈值为30～80 g （平均40g），过多摄入尤其是一次性过多摄入，会导致果糖吸收不良，引起肠胃反应。
另外果糖代谢吸收快，和葡萄糖一样能转化合成甘油三酯，过分摄入也会导致肥胖，高血脂。
