农用抗生素的工业生产，通常采用液体深层通气培养的发酵工程，世界上生产农用抗生素用的发酵罐容积最大的已达300m3。各种农用抗生素生产过程的发酵工序大体相同，而分离和纯化工序则因品种而异，有的有效成分存在于发酵液中，有的则存在于菌丝体中，要采用不同的分离纯化流程来制取。例如：井冈霉素存在于发酵液中，过滤后浓缩、萃取纯化，再加入助剂调制即成为制剂产品。
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