真菌感染引起的鹅口疮原因比较单纯，不需要进行其他方面的检查，如果宝宝的鹅口疮反复发作，取少量白色黏膜化验，找到白色念珠菌菌丝及孢子，是实验室诊断依据。通过检验能够确定酵母菌的类型，以便医生能更准确给宝宝用药。
宝宝吃奶后，口腔内会残留奶液，如果没有及时清洁，会形成奶块，这与鹅口疮有一些相似，对缺乏经验的新手父母来说，区别它们的办法就是：用湿棉签轻轻擦拭，白色块状物消除，是奶块；假如擦除困难，或擦除后会留有红色创口，则表示宝宝患了鹅口疮。
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