1.有利原则与不伤害原则的冲突
医学行为往往不是单纯给病人带来益处，而是常常伴有副作用。
此时，有利原则要求医务人员权衡利害，使医学行为能够得到最大可能的益处，而带来的危害应该是最小的。
例如人体实验，受试者可能并不直接受益，而且很可能承受不适甚至某种伤害，只要这种不适与伤害在可容许的范围之内，并且这种实验对大量的类似病人、对医学发展有明显的好处，即有利于社会大多数人，就是合理的。
2.有利原则与自主原则的冲突
医务人员合乎科学的合理选择与病人的自主决定不一致，一般多由病人的特殊原因引起，例如经济原因、情感原因以及缺乏医学知识的原因等。
3.有利原则与公正原则的冲突
详见关于不伤害原则与公正原则相互冲突的论述医|学教育网搜集整理。
