临床表现不典型的病例需与下列疾病鉴别。
1．幽门痉挛：多在出生后即发病，为不规则间歇性呕吐，不呈进行性加重。腹部触不到幽门肿块，用阿托品和冬眠灵等解痉镇静剂后呕吐很快消失。
2．胃食管反流：正常新生儿由于食管下括约肌神经肌肉发育末完善可发生生理性胃食管反流，表现为不规则的溢奶，如喂以较稠厚的奶品，喂食后将孩子置于半坐位。待食管下括约肌抗反流机制成熟后，多在6～9周内自愈。
3．胃扭转：患儿喂奶后发生呕吐，不含胆汁，特别是移动病儿时呕吐更明显，腹部无阳性体征。X线检查可见到胃大弯位于小弯之上、双胃泡和双液平面。治疗采用半坐位体位喂养法，l～2个月后症状即逐渐消失。
4．喂养不当：由于喂奶过多、过快，或人工喂养时由于奶瓶倾斜将瓶内气体吸入胃内，或喂奶后放置婴儿头部过低，均可使婴儿发生呕吐。
5．先天性幽门闭锁、先天性幽门膜状狭窄：是极为罕见的消化道畸形，其特点是出生后喂奶即发生呕吐，x线平片见胃扩张和广阔液平。
