先天性肥厚性幽门狭窄诊断和鉴别诊断凡具有典型的呕吐病史者，应疑及本病。若于右上腹部扪及橄榄状肿块，辅以影像学检查，即可确诊。
需与引起呕吐的其他原因鉴别：
1.喂养不当
2.幽门痉挛 间歇性不规则呕吐，非喷射性，量不多，无进行性加重，偶见胃蠕动波，但右上腹摸不到肿块。B超检查幽门肌层不肥厚，阿托品、氯丙嗪（冬眠灵）等解痉镇静剂治疗效果良好。
3.胃食管反流 呕吐为非喷射性，上腹无蠕动波，无右上腹橄榄样肿块。X线钡餐检查、食管24小时pH监测和食管动力功能检查等可协助确诊。
4.胃扭转 生后数周内出现呕吐，移动体位时呕吐加剧。X线钡餐检查可见：①食管与胃黏膜有交叉现象；②胃大弯位于小弯之上；③幽门窦的位置高于十二指肠球部；④双胃泡、双液平面；⑤食管腹段延长，且开口于胃下方。胃镜检查亦可达到诊断和治疗（胃镜下整复）的目的。
