非洲锥虫病的病原体有两种：罗得西亚锥虫和冈比亚锥虫，两者皆为布氏锥虫（T.b.brucei）亚种。布氏锥虫为野生动物锥虫病的病原体，一般不感染人医学|教育网搜索整理。
锥虫在人体主要寄生于血液和组织间隙，为细长鞭毛体，扁平弯曲，前端尖细有鞭毛，后端较圆。在人体内形态多变，自8～35×1.5～3.5（μm）不等。初感染时为细长型，细胞核位于虫体中央，动基体位于后端，鞭毛长；继而变为粗短型，细胞核位于原虫后端，鞭毛短，甚至缺如。
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