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水样来源主要是河水、湖水、地下水和自来水，在疫区还包括稻田、塘水、井水和邻近畜舍、厕所的积水点。采样器具有用于手工采样的采样瓶和自动采样器。手工采样是将水样瓶用铁架固定，塞住瓶口，待瓶沉入到一定深度时拉开瓶塞，让水样进入。自动采样是用自动采样器在一定间隔时间中或连续采集样品，分别放入样品瓶或合并于一个样品瓶中成为混合样。疫区传染病病原污染的上述水体，采集时最好采非日光直射处的表层水。采集自来水样品时，先用酒精灯将水龙头烧灼消毒，然后将龙头打开，放水5～10分钟，再采集水样。
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