1、癌症：如果肝内胆管结石不治疗的话，会引起继发感染、胆源性胰腺炎或阻塞胆管引起胆汁淤积等。同时肝内胆管结石如果长期得不到有效地治疗，就会产生胆道感染和胆汁滞留有关的迟发性肝胆管癌，甚至会导致死亡。
2、胆道感染：肝内胆管结石的急性并发症主要是胆道感染。肝内胆管结石形成的主要因素就是胆道梗阻和感染，感染的诱因与结石的梗阻和胆道的炎性狭狭窄有关。包括重症肝胆管炎、胆源性肝脓肿及伴随的感染性并发症。医学教育|网搜索整理
3、肝功能失常：由于肝胆管系统与肝脏实质细胞有着直接关系。慢性并发症还会导致肝功能失常，急性重症肝内胆管炎会伴有严重的肝细胞损害，甚至导致大片的肝细胞坏死；成为良性胆道疾病死亡的主要原因。慢性期并发症还表现为全身营养不良、贫血、低蛋白血症，还会导致胆管炎和胆源性肝脓肿，多发性肝胆管狭窄，肝叶纤维化萎缩，胆汁性肝硬化、门脉高压症等。
