原虫结构与单个动物细胞基本相似，外形为圆形，卵圆形或不规则，大小从2μm至200μm不等。
原虫主要结构有表膜、胞质和胞核3部分。
1、表膜：亦称包膜或质膜（plasmalemma）类似人体细胞膜的单位膜结构，表膜是宿主与寄生虫之间相互作用的界面，起沟通与阻隔的作用。
功能：
参与虫体运动。摄食、排泄、侵袭等多种生理功能。
表膜上带有与诊断或致病有关的抗原、受体、酶甚至毒素。
2、胞质：有基质、细胞器和内含物组成。
功能：
参与原虫运动、摄食、排泄、感觉及呼吸功能。
原虫代谢与营养储存的重要场所。
胞核：胞核由核膜、核质、核仁和染色质组成医学教|育网搜集整理。
3、胞核：是维持原虫生命和繁殖的重要结构，由核膜、核质、核仁和染色质构成。寄生性原虫多位泡状核（vesicular nucleus），核内染色质稀呈颗粒状，分布于核质或核膜内缘，具有一个粒状核仁，如阿米巴、鞭毛虫。少数为实质核（compact nucleus），核大而不规则，染色质丰富，具有一个以上的核仁，如纤毛虫。染色后胞核形态特征是医学原虫病原诊断的重要依据。
