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多囊卵巢综合征的病因尚不清楚，可能与以下三方面因素有关：
① 垂体促性腺激素的分泌失调。
② 卵巢类固醇生物合成所需酶系统的功能缺陷。医学教育网|搜索整理
③ 肾上腺皮质功能紊乱。另外，有人观察到，患有多囊卵巢综合征的病人可有X型性染色体异常，如嵌合型45XX/45XO，或常染色体16 、21或22的异常。有人认为与常染色体的显性遗传有关，也有人认为是性染色体的显性遗传。
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