在温病治疗上，赵绍琴善于运用叶天士“透热转气”法救治高热不退、昏迷等危重病证。他把透热转气法广泛地应用于温病卫、气、营、血各个阶段的治疗，以透邪外出为指导原则，取得了很好的治疗效果，大大地发展了叶天士的温病辨治理论。如温病气分证，使用辛寒清气的治法达热外出。营分证的治疗在清营养阴中，适当加入具有开达、宣透作用的药物，以去其壅塞、排除障碍、宣畅气机，使邪有出路，则入营之邪即可外透，转出气分而解。如湿热入营，可用芳香化湿清热以开郁，疏通气机，使营热外达。如邪入心包，轻者用菖蒲、郁金清心豁痰、开窍通闭，连翘轻清透泄、宣畅气机，重者必用牛黄、至宝丹之类以开其闭，使营热外透。对于瘀血阻滞气机而热邪入营者，则应于散血之品加入琥珀、桃仁、丹皮等，活血散瘀通络，排除障碍，宣通气机，导热达外。他认为，以上宣畅气机的治法皆属透热转气范畴。即使温邪入了血分，仍应考虑透热转气之理。

在内科临床方面，赵绍琴以善治疑难重证而著称。医学教育|网搜集整理他创造性地把温病卫气营血的理论应用到内科杂病治疗中，对一些疑难病证主张从营血分进行辨证，如白血病、再生障碍性贫血、血小板减少性紫癜、病毒性心肌炎、系统性红斑狼疮、慢性肾小球肾炎、肾病综合征、慢性肾功能衰竭、尿毒症等，均取得了满意疗效。他认为，内科病症多由邪气阻闭气机，人体气血循行障碍，内郁不宣，邪气不得泄越，蕴蓄于内引起。所以内科杂病的治疗，可用解郁、疏利、宣泄等法，开散郁结，宣通其滞，调畅气血，通达营卫。治疗时，他喜用升降散（白僵蚕、蝉蜕、广姜黄、生大黄），寒温并用，升降相因，宣畅三焦，条达气血，使周身气血流畅，火郁之邪可得宣泄疏发。根据他的经验，治火郁证需酌加风药，如防风、荆芥穗、苏叶等，以风药行气开郁，调畅气机，通达腠理而发其郁火。

赵绍琴一生致力于中医教学及临床工作，先后培养中医温病专业硕士研究生20余名，其弟子彭建中、杨连柱等已成为中医界的后起之秀。