程莘农的父亲程序生为清朝末期科举秀才。在程莘农6岁时，其父就为他讲授《四书》、《五经》的含义和哲理，同时还让他练习书法。10岁时，父亲教程莘农学习《医学三字经》、《药性赋》、《汤头歌诀》、《内经》、《难经》等中医学书籍。

5年多的中医书本知识学习和诵读，使程莘农有了扎实的中医基本知识，1936年春，其父怀揣数百元大洋，带其叩拜当地著名老中医陆慕韩先生为师。陆老先生看到程莘农聪颖好学，勤快俭朴，就从治病到行针、开方，医学教|育网搜集整理都手把手地教。对关键问题不厌其烦地反复讲解，直到程莘农理解、学会并能独立掌握和运用为止。在父亲严格的训教、陆老先生的精心培养下，程莘农练就了一手过硬扎实的中医临证基本功。特别是在学习陆氏内科、妇科等杂病诊治方面，一脉相承。陆氏去逝前曾撰写《验舌辨证歌括》，后经程莘农收集、释注，整理为《养生草堂方案偶存》。因其接诊热情，疗效显著，药到病除，程莘农行医时，前来应诊的病人越来越多。有患者为了感谢程莘农为自己治好了重病，重获新生，就精心制作了一块“陆慕韩亲授程莘农先生医道”的牌匾，端端正正地悬挂在诊室内。

几十年来，程莘农高超的针术令数以万计的患者折服，在当地，患者对程莘农“小程先生”的称呼，闻名遐迩，传颂于乡间。1947年11月，程莘农获得“中华民国考试院”颁发的医师证书。他仍然边行医边学习，8年后，他以苏北地区第一名的成绩，考入江苏省中医进修学校（即南京中医药大学前身）的本科班，从此踏上了他半个多世纪针灸生涯的征程。