流式细胞术在免疫学中有着广泛的应用，其免疫荧光染色的标本制备非常重要，常常由于标本的制备过程中出现人为非特异性荧光干扰（尤其在间接免疫荧光染色中）或细胞浓度低等检测结果。解决这些影响因素的方法如下。
（1）确保标本上机检测前的浓度为1×106/ml，细胞浓度过低直接影响检测结果。
（2）使用蛋白封闭剂，封闭非特异结合点，尤其在间接免疫荧光标记时必不可少。常用的蛋白封闭剂为0.5%牛血清白蛋白和1%胎牛血清。
（3）荧光抗体染色后充分洗涤，注意混匀和离心速度，减少重叠细胞和细胞碎片。
（4）设置对照样品，采用与抗体来源同型匹配的无关对照和荧光抗体的本底对照。
（5）判定结果时，应注意减去本底荧光，为使免疫荧光的定量分析更准确，应用计算机程序软件，用拟合曲线方法从实验组的，曲线峰值中减去对照组的，曲线峰值，可以得到更准确的免疫荧光定量结果。
（6）注意在冷环境下操作染色，或加入叠氮钠，保证细胞免疫荧光定量分析精确和稳定。
（7）标本保存，免疫荧光染色后，标本不固定可以在4摄氏度避光情况下保存24小时。时间更长则需要固定保存，常用的固定剂为1%-4%多聚甲醛缓冲液或4%甲醛缓冲液（pH 7.2），固定时间可达到2—3周。
