使用131碘治疗甲亢方法较简单，疗效肯定，多数无不良反应，少数可出现一些副作用和并发症。不良反应一般分为早期毒性反应和晚期并发症两种情况。
早期毒性反应指服药后2周内出现的反应，常见情况如下：
①全身反应常以消化系统症状为主，出现厌食、恶心、呕吐等，少数有皮肤瘙痒、皮疹、头晕、乏力等，对症处理2～3日即可消失。
②局部反应较多见，主要是甲状腺水肿及放射性甲状腺炎的表现，病人颈部发痒，有膨胀及压迫感，甚至下咽疼痛及咳嗽，无需特殊治疗，数天或1周后逐渐消失。
③在治疗最初2周内，部分病人可出现症状加重（基础代谢率及血清蛋白结合碘浓度升高），此时只需卧床休息或应用一些镇静剂及一些β受体阻滞剂如心得安等，即可逐渐好转。个别严重病人会出现甲亢危象，表现为精神不安、高热、出汗、心跳加速（常在140次/分以上），脉压升高，甚至发生心房纤颤、腹泻以及昏迷等，如不及时处理常可危及生命。这是由于放射性损害使甲状腺滤泡遭到破坏，大量甲状腺素释放入血或诸多因素所致。凡临床症状较重，甲状腺较大的患者，给131碘以前酌服硫脲类药，给131碘时应严密观察。
④白细胞减少，多发生在一次投131碘后，一般均可逐渐恢复。
