1.类风湿性关节炎 SLE与类风湿关节炎均有多关节病变，尤其在疾病早期或类风湿关节炎伴有血小板减少，白细胞减少时，两者难以鉴别，但SLE的关节表现多为游走性关节肿痛，且有疼痛、肿胀、晨僵等症状及体征较类风湿关节炎轻，关节病变一般为非侵蚀性的，不遗留畸形。SLE患者还有特征性皮疹，多数有肾脏病变，而类风湿关节炎则不具备这些特点。
2.结节性多动脉炎 有皮肤、关节病，常累及中枢神经系统和消化系统，需与SLE相鉴别。结节性多动脉炎的病理表现多见于中等大小的动脉，小动脉少见，而SLE引起的血管炎则以小血管为主。结节性多动脉炎患者皮肤改变多为皮下结节，关节病变多表现为大关节肿痛，外周血白细胞计数常升高，ANA与RF阳性性者极罕见。
3.混合型结缔组织病 MCTD临床医学教育`网搜集整理表现有雷诺现象、关节痛或关节炎、肌痛、肾脏、心肺、神经系统均可受累，ANA呈现高滴度斑点型。与SLE相比，MCTD患者双手肿胀、肌炎、食管运动障碍和肺受累更为多见，抗U1RNP抗体呈高滴度，而严重的肾脏和中枢神经系统受累较SLE少见，抗ds-DNA抗体、抗Sm抗体和LE细胞通常阳性，血清补体水平不低。
