卵巢妊娠的病因尚不十分清楚，可能与下列因素有关：
1.有障碍的排卵由于盆腔炎症，引起卵巢周围炎和盆腔粘连，卵泡内压力降低，以及颗粒细胞及卵丘使卵子排出受到阻碍。
2.输卵管的功能受损由于先天或其他原因，输卵管上皮的纤毛活动异常或者输卵管产生逆蠕动，致使受精卵的输送异常。
3.卵巢表面有利于受精卵种植卵巢可以产生蜕膜组织以及卵巢表面有内膜异位症病灶，这些情况有利于受精卵种植。
4.生殖系统原始生殖细胞在形成始基卵泡以前，能交叉受精形成畸胎瘤，原发性绒毛膜瘤等，但用于解释卵巢妊娠似乎很难。
5.机会论学说由于偶然的机会，有一个成熟卵子在卵巢内受精，或者精子偶然发现卵巢表面有一个成熟卵子而与之结合。
6.宫内节育器许多文献报道宫内节育器的使用增加卵巢妊娠的危险。医学教育|网搜集整理可能与宫腔内环境改变，前列腺素增加与输卵管逆蠕动有关。
7.辅助生育技术辅助生育技术如体外受精胚胎移植后发生的异位妊娠中，一些是卵巢妊娠。
