当致敏者再次吸入某种有机粉尘或动物蛋白微粒时，在肺的终末段引起炎症反应。Ⅲ型超敏反应是本病的主要发病机制。特异IgG抗体存在于50%以上的暴露者和90%以上有临床表现的患者血清中。症状开始于抗原攻击后4～8h，在肺的间质中形成并沉积了抗原-抗体复合物，接着复合物又激活补体引起急性炎症和组织损伤。后来又证实细胞介导的Ⅳ型超敏反应在本病的发病机制中也起重要作用。Ⅰ型超敏反应在典型的过敏性肺炎的发病中作用不明显。一般外周血嗜酸粒细胞和血清IgE水平正常，常见吸入变应原皮试速发反应阳性率不高，特应性疾病的发生率也低，医学`教育网搜集整理这两点说明特应性不大可能是一个重要罹患因素宿主的易感性主要与个体的遗传体质和先前存在的肺疾患有关。
主要病理特点为肺泡腔内大量嗜酸粒细胞浸润，肺纤维化与巨细胞肉芽肿形成。
