肺包虫囊肿多需外科治疗。目前尚无有效的药物治疗。囊肿穿刺可能引起严重反应或并发症，应视为禁忌。
手术方法有以下几种：
（一）内囊摘除术：适用于无并发症的表浅囊肿。开胸后先探查囊肿部位，用纱布垫遮护囊肿周围组织，用空针抽出囊内液体，以使其内囊收缩，以后将外囊切开，利用预先放上的牵引缝线，将外囊切口边缘提起，由助手用吸引器吸除囊内的液体，术者以环形钳将已收缩的内囊完整取出。注意避免囊液沾染任何组织。残留的外囊腔如有小支气管孔，均应以细丝线缝合，以后用生理盐水冲洗，后用细丝线将外囊壁对拢缝合医学教育`网搜集整理。
（二）囊肿摘除术：适用于较浅位的单纯囊肿。开胸后，显露囊肿并用纱垫保护周围组织。在囊肿外囊之外，进行剥离解剖，遇有小血管及小支气管随时予以结扎缝合，直至囊肿全部剥除，然后进行止血及缝补小支气管孔。此种方法，手术当时较麻烦，但术后肺部复张较好，无残囊存在。术中注意避免切破囊腔或损伤较大血管。
（三）肺叶或肺段切除术：如系单个囊肿，且邻近肺部有感染或因囊肿压迫而有继发病时，以行肺叶或肺段切除较为理想，治疗效果良好，并发症亦少见。
