氯喹的药理作用主要包括以下三点：
1.抗疟作用：氯喹对各种疟原虫的红细胞内期裂殖体均有较强的杀灭作用，能迅速有效地控制疟疾的临床发作；但对子孢子、休眠子和配子体均无效，不能用于病因预防以及控制远期复发和传播。氯喹具有在红细胞内尤其是被疟原虫入侵的红细胞内浓集的特点，有利于杀灭疟原虫，具有起效快、疗效高的特点。
氯喹的抗疟作用主要是通过抑制疟原虫对血红蛋白的消化，作用于血红素的处置，减少了疟原虫生存必需氨基酸的供应。也能抑制血红素聚合酶活性，使有毒的血红素转化为疟色素受阻，从而减少对人体伤害。
2.抗肠道外阿米巴病作用：氯喹能杀灭阿米巴滋养体。由于医`学教育网搜集整理其在肝脏中的浓度高，可用于治疗阿米巴肝脓肿。
3.免疫抑制作用：大剂量氯喹能抑制免疫反应，偶尔用于类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮等免疫功能紊乱性疾病。
