细菌的新陈代谢是指菌细胞内分解代谢与合成代谢的总和。分解代谢是底物分解和转化为能量的过程；合成代谢是指所产生的能量用于细胞组分的合成过程。

　　细菌合成细胞组分和获得能量的基质（生物氧化的底物）主要为糖类，通过糖的氧化或酵解释放能量，并以高能磷酸键的形式（ADP、ATP）储存能量。生物体能量代谢的基本生化反应是生物氧化。生物氧化的方式包括加氧、脱氢和脱电子反应，细菌则以脱氢或氢的传递更为常见。

　　以有机物为受氢体的称为发酵；以无机物为受氢体的称为呼吸，其中以分子氧为受氢体的是需氧呼吸，以其他无机物（硝酸盐、硫酸盐等）为受氢体的是厌氧呼吸。

　　发酵是大多数细菌共有的基本代谢途径，专性厌氧菌产能的惟一途径。反应最终的受氢体为未彻底氧化的中间代谢产物，产生能量远比需氧呼吸少。1分子葡萄糖可生成2分子丙酮酸，产生2分子ATP和2分子NADH+H+.需氧呼吸将1分子葡萄糖在有氧条件下彻底氧化，生成C02、H2O，并产生38分子ATP.需氧呼吸中，葡萄糖经过糖酵解途径生成丙酮酸，后者脱羧产生乙酰辅酶A后进入三羧酸循环彻底氧化。然后将脱出的氢进入电子传递链进行氧化磷酸化，最终以分子氧作为受氢体。需氧菌和兼性厌氧菌进行需氧呼吸。 医学教育网收集*整理

　　厌氧呼吸是专性厌氧菌在没有需氧电子传递链和完整的三羧酸循环的条件下，将1分子葡萄糖经厌氧糖酵解只能产生2分子ATP，最终以外源的无机氧化物（C0、SO42-、N0-）3作为受氢体的一类产能效率低的特殊呼吸。