1.生物拮抗作用：正常菌群通过粘附和繁殖能形成一层自然菌膜，是一种非特异性的保护膜，可促机体抵抗致病微生物的侵袭及定植，从而对宿主起到一定程度的保护作用。正常菌群除与病原菌争夺营养物质和空间位置外，还可以通过其代谢产物以及产生抗生素、细菌素等起作用。可以说正常菌群是人体防止外袭菌侵入的生物屏障。
2.刺激免疫应答：正常菌群释放的内毒素等物质可刺激机体免疫系统保持活跃状态，是非特异免疫功能的一个不可缺少的组成部分。
3.合成维生素：有些微生物能合成维生素，如核黄素、生物素、叶酸、吡哆醇及维生素K等，供人体吸收利用。
4.降解食物残渣：肠道中正常菌群可互相配合，降解末被人体消化食物残渣，医学|教育网搜集整理便于机体进一步吸收。
