生产单细胞蛋白质的微生物种类很多，有酵母菌、细菌、霉菌和担子菌等。
糖质原料：酵母属和假丝酵母属为主要生产菌。
正烷烃：假丝酵母为最主要利用菌。
甲烷：能利用甲烷作为唯一碳源的微生物，主要是细菌，如甲烷假单胞菌等。
甲醇：主要以细菌为主，放线菌、酵母菌和霉菌次之。甲烷利用菌也为甲醇利用菌，但反之不一定。甲醇利用菌多数为革兰氏阴性细菌。医学教育`网搜集整理
乙醇：以酵母占多数，其次为细菌和霉菌。酵母菌中有假丝酵母属、酵母属等。
醋酸：细菌中有短杆菌属等，酵母中有假丝酵母属等，霉菌中有曲霉属等。
氢气和碳酸气：能以CO2为唯一碳源，氢气为唯一能源的细菌称为氢细菌。氢细菌在分类学上为氢单胞菌属。
