主要致病物质是表面结构，如菌毛、荚膜、外膜蛋白以及内毒素和lgA1蛋白酶。lgA1蛋白酶能破坏黏膜表面存在的特异性lgA1抗体，有利于淋病奈瑟菌黏附至黏膜表面。PI可直接插入中性粒细胞的膜上，严重破坏膜绪构的完整性，导致膜损伤。菌毛和荚膜具有抗吞噬作用。
淋病奈瑟菌主要侵犯黏膜，尤其对单层柱状上皮和移行上皮细胞（如前尿道、子宫宫颈、后尿道、膀胱黏膜）有很强的亲和力。淋病奈瑟菌侵入前尿道或宫颈后，借助菌毛、外膜蛋白）黏附到柱状上皮细胞的表面进行繁殖，之后被柱状上皮细胞吞饮，进入细胞内大量繁殖，导致细胞损伤裂解。淋病奈瑟菌再移至黏膜下层，通过内毒素与补体lgM等协同作用，诱导中性粒细胞聚集和吞噬，引起局部急性炎症，形成典型的尿道脓性分泌物。当细菌进入尿道腺体和隐窝后，潜藏的细菌可引起慢性淋病医学`教育网搜集整理。
