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HIV基因组可发生变异，从而使分离到的HIV株间有不同的生物学特性。HIV变异较多集中于包膜糖蛋白env基因和调节基因nef.基因核苷酸序列的变异导致编码氨基酸的改变。根据enz，基因序列的差异将目前全球流行的HIV-I分为A、B、C等8个亚型，在非洲主要流行的是A、C、D、E，我国云南省感染者丰要为B和C亚型。全球流行以C和E亚型为主，估计病毒env基因核苷酸变异概率每年每个位点约0.1%，其变异率与流感病毒相似医学`教育网搜集整理。
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