松果体位于丘脑的上后方，两上丘间的浅凹内，以柄附于第三脑室顶的后部，为一椭圆形小体，形似松果，颜色灰红。松果体在儿童期比较发达，一般自7岁后开始退化。成年后松果体部分钙化形成钙斑，可在X线片上见到。临床上可根据其位置的改变，作为诊断颅内病变的参考。
松果体可以合成和分泌褪黑激素melatonin等多种活性物质。这些激素的生理作用并不十分清楚。实验已经证明，可以影响机体的代谢活动、性腺的发育和月经周期等。松果体有病变破坏而功能不足时，可出现性早熟或生殖器官过度发育。相反，若分泌功能过盛，则可导致青春期延长。松果体的内分泌活动与环境的光照有密切关系，呈明显的昼夜周期变化。
