第一，不伤害原则与有利原则的冲突。如一足部有严重溃疡的糖尿病病人，经治疗病情未减轻，有发生败血症的危险，此时为保住病人的生命而需对病人截肢。表面上看，这样做对病人将造成很大的危害，但是为了保全病人的生命，这样做是符合有利原则的，因为，“两害相权”要取其轻；
第二，不伤害原则与公正原则的冲突。如在稀有资源的使用上，一个病房有四个肾衰病人同时需要肾移植，但因肾源有限，不可能使每个需要的人都得到，只能按医学教|育网搜集整理公正原则进行病人选择，未得到肾的病人在身心上将受到伤害，这是不伤害原则和有利原则同时与公正原则相冲突的情况；
第三，不伤害原则与尊重原则相冲突。这多表现在医务人员为尊重患者的自主性而无法选择使病人不受到伤害的医疗行为。
