中国动物种类资源也很丰富，药用动物来源非常广泛。中国现有药用动物11门、33纲、141目、414科、879属、1574种和种下等级（不含亚种）。其中陆栖动物329科、720属、1295种，海洋动物85科、141属、275种。现按约翰逊系统（1977）分门统计。药用动物11个门中，脊推动物占有较大优势，包含了约62%的药用种；无脊椎类共有10门、199科、362属、606种。原生动物中药用种仅有草履虫科1科、2种，即大草履虫和多小核草履虫。海绵动物的药用种均属于简骨海绵科，应用历史较久的是脆针海绵（紫梢花），宋代的《图经本草》即已收载；另一种是湖海绵。

　　腔肠动物中药用种多出自珊瑚纲，主要有星黄海葵。黄海葵、桃色珊瑚、海仙人掌等，其他常见的有海蜇、僧帽水母和海月水母等。

　　软体动物是低等动物中较大的一类，中国近海约有3000多种。它所属的4个纲中，尤以瓣鳃纲的药用种居多，共计20科、103种，占软体动物药用总种数的1/2左右。腹足纲的药用种类亦有一定优势，其中主要药用科有蚌科（35）、帘蛤科（i3）、锥螺科（13）、田螺科（11）、骨螺科（11）、宝贝科（11）和牡蛎科（8）。软体动物通常称为贝类，药用贝类多为双壳贝，共有112种，常用的有三角帆蚌、褶纹冠蚌、圆顶珠蚌、河无齿蚌、长牡蛎、大连湾牡蛎、近江牡蛎、文蛤、青蛤、泥蚶（瓦楞子）和魁蚶等。单壳贝药用种主要有杂色鲍（石决明）、耳鲍、皱纹盘鲍、阿纹绶贝（紫贝齿）、环纹货贝（白贝齿）、贻贝、中国圆田螺和同型巴蜗牛等。贝内壳的药用软体动物主要属于头足纲，常见药用种有曼氏无针乌贼（海螵蛸）、金乌贼、医学教.育网搜集整理真蛸和短蛸等。可供药用的软体动物还有蓝斑背肛海兔（海粉）、缢蛏、红条毛肤石鳖、西施舌、黄蛞蝓及皱红螺等。

　　星虫动物门中可供药用的仅两种，即土钉虫和裸体方格星虫。

　　环节动物的药用种以寡毛纲和蛭纲为主，其中以钜蚓科（14）和医蛭科（7）的种数较多，常用的有参环毛蚓（广地龙）、通俗环毛蚓、白颈环毛蚓、日本医蛭（水蛭）、尖细金线蛭、秀丽黄蛭等。环节动物中还有梯形背暗异唇蚓（土地龙）、日本沙蚕和沙蠾等也可供药用。

　　节肢动物是无脊椎动物中最大的一类，所属6个纲中较重要的是昆虫纲，共有药用动物67科、220种，约占节肢动物药用种数的71%.药用种数较多的科有芫青科（21）、虻科（14）、蝗科（12）和鳃金龟科（10）。

　　常用昆虫药材有小刀螳螂（桑螵蛸）、大斑芫青（斑蝥）、九香虫、蚱蝉（蝉蜕）、华虻、长脚黄峰（露蜂房）、中华真地鳖（土虫）、黑翅红娘子和紫胶蚧等，其他可药用的昆虫还有东亚飞蝗、东方后片蠊、中华蟋蟀、虎斑步甲、星天牛、丝光褐林蚁及大蜻蜒等。

　　甲壳纲动物中国约有3000多种，可药用的种类亦不少，其中十足目较突出，主要有对虾、中国龙虾、东北蜊蛄、三疣梭子蟹、中华绒螯蟹（方海）、锯齿溪蟹和大寄居蟹等。甲壳类药用种中还有鼠妇（潮虫）、海蟑螂和平甲虫等。

　　草药蛛形纲中常用的药用种有东亚钳蝎（全蝎）；作为民间习用药的种，主要有北国壁钱、大腹圆蛛和迷路草蛛等。

　　节肢动物中药用种数较少的还有唇足纲中的少棘蜈蚣、索蚰蜒等3种；倍足纲中的宽附陇马陆、燕山蛩和约安山蛩等；肢口纲中的中国鲨等。

　　苔藓动物中的药用种仅有脊突苔虫和柯氏胞孔苔虫2种，均为海浮石基原种。

　　棘皮动物属于海洋底栖动物，药用资源主要有海胆类（4科8种）、海星类（4科5种）和海参类，其中主要药用种有紫海胆、石笔海胆、马粪海胆、罗氏海盘车、多棘海盘车、海燕、刺参和梅花参等。

　　原索动物中的药用种只有尾索动物纲的玻璃海鞘和头索动物纲的厦门文昌鱼及青岛文昌鱼两种。