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脑的主要生理功能是主宰生命活动，主管精神意识和主管感觉运动。
脑是人体的生命活动中枢，能主宰和调节人体的生理活动。诸如呼吸、心跳、吞咽等生理活动，都是由脑髓所主宰和调节。
脑主管精神活动：人的思维意识和情志活动，都是客观外界事物反映到脑的结果。如明代李时珍明确提出脑与精神活动的关系，称“脑为元神之府”。记忆亦为脑所主，如《本草备要》说：“人之记性，皆在脑中”。《医林改错》说：“灵机记性不在心而在脑”。
脑主管感觉和运动：明代王惠源、清代王清任等，则把听、视、嗅等感觉功能与舌的言语功能皆归属于脑，说明对脑功能的认识已比《内经》提高了一大步。
脑虽是极其重要的器官，但中医脏象学说以五脏为中心，因而就将脑的生理功能分属于五脏，其中尤其与心、肝、肾三脏的关系密切。这是由于心主神志、肝主疏泄而调畅情志、肾藏精而生髓充脑的缘故。
