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甘遂的应用，主要有如下方面：
1.水肿，臌胀，胸胁停饮。本品苦寒性降，善行经隧之水湿，泻下逐饮力峻，药后可连续泻下，使潴留水饮排泄体外。凡水肿、大腹臌胀、胸胁停饮，正气未衰者，均可用之。可单用研末服，或与牵牛子同用，如二气汤（《圣济总录》）；或与大戟、芫花为末，枣汤送服，如十枣汤（《伤寒论》）。另可与大黄、阿胶配伍治疗妇人少腹满如敦状，小便微难而不渴，如大黄甘遂汤（《金匮要略》）。
2.风痰癫痫。本品尚有逐痰涎作用。临床上以甘遂为末，入猪心煨后，与朱砂末为丸服，可用于风痰癫痫之证，如遂心丹（《济生方》）。
3.疮痈肿毒。本品外用能消肿散结，治疮痈肿毒，可用甘遂末水调外敷。现代临床用化瘀膏（青核桃枝、参三七、甘遂、生甘草）外贴，治疗乳腺肿瘤。
