主要有以下四种方法：
按脏腑辨证配穴
就是根据中医的传统理论来选穴组成处方。如中医学认为“肺主皮毛”，故可取肺穴治疗皮肤病；肾，“其华在发”，故可取肾穴治疗斑秃等。
按现代医学理论配穴
耳穴中有不少是按现代医学的名称命名的，如皮质下、交感、肾上腺、内分泌、耳迷根等。这些穴位的功能和现代医学所说的基本一致，如肾上腺穴，有近似调节肾上腺的功能，故可按现代医学理论配穴。
按相应部位配穴
此法最为简单，临床上用得也最广泛。即医学教育|网搜集整理根据病变所在，在耳郭对应的部位取穴配方。如肩周炎取肩穴，胃炎取胃穴等。
按临床经验配穴
指对临床中发现，对某一或某些病症有独特作用的穴位进行组方。如耳尖穴治高血压、耳中穴治隔肌痉挛等。
在实际治疗中，上面各种配穴常综合运用，如高血压，可据西医理论取交感，按脏腑学说加心，据临床经验加耳尖等。
